Estudio de la notación funcional de secuencias relacionadas a la dormancia y germinación en yerba mate (Ilex paraguariensis St. Hil )
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Data
2016
Autores
Hernández López, Diego Sebastián
Título da Revista
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Editor
Resumo
La yerba mate es un árbol de la familia Aquifoliaceae descrita por Auguste de
Saint Hilaire en 1822 como Ilex paraguariensis, presenta gran importancia
social, cultural y económica. Pese a esto, poco se conoce sobre la biología de
esta especie, la cual no ha pasado por un proceso considerable de selección y
mejoramiento genético presentando características como la dormancia y
germinación desuniforme indeseables para el cultivo. En este trabajo se hace
una búsqueda de secuencias relacionada a estos procesos en un transcriptoma
de Yerba de 200.000 secuencias usando como referencia el genoma de
Arabidopsis thaliana, y programas de análisis de secuencias BioEdit. De esta
forma se encontró que existe conservación de la mayoría de los dominios
estudiados. Al mismo tiempo una fracción del transcriptoma de yerba fue
analizado mediante el programa Blast2go dejando en evidencia las principales
vías metabólicas de la especie destacando la de purina y tiamina.
También se señala a Vitis vinifera como la especie con la cual las secuencias
de Ilex paraguariensis mostraron mayor homología. Se logró entonces, un
mapeo razonable de las secuencias, teniendo en cuenta la separación
filogenética entre las especies comparadas. Asimismo la disponibilidad de un
trancriptoma de Yerba ofrece la posibilidad de explorar en profundidad las vías
metabólicas por detrás de esta planta.
A erva-mate é uma árvore da família Aquifoliaceae descrito por Auguste de Saint Hilaire, em 1822 como Ilex paraguariensis, apresenta grande importância social, cultural e económica, apesar disso, pouco se sabe sobre a biologia desta espécie, a qual não passou por um processo consideravel de seleção e melhoramento apresentando características como dormência e germinação não uniforme indesejável para o cultivo. Neste trabalho se faz uma busca de sequências relacionadas com esses processos em uma transcripto de erva de 200.000 sequências utilizando como referência o genoma de Arabidopsis thaliana, e programas de analises de secuencias BioEdit. Se achou que existe conservação na maioría dos dominios estudados. Ao mesmo tempo uma fracção do transcriptoma da erva foi analisado mediante o programa Blast2go deixando em evidência as principais vías metabólicas da especie, destacando purina e tiamina, também é mostrado Vitis vinifera como a especie com maior similaridade com as secuencias de Ilex paraguariensis. Foi obtido um mapeamento razoável das secuencias, tendo em conta a separação filogenética entre as espécies comparadas, de igual modo a disponibilidade de um trancriptoma de Erva-Mate oferece a oportunidade para explorar a fundo as vias metabólicas, por trás dessa planta.
A erva-mate é uma árvore da família Aquifoliaceae descrito por Auguste de Saint Hilaire, em 1822 como Ilex paraguariensis, apresenta grande importância social, cultural e económica, apesar disso, pouco se sabe sobre a biologia desta espécie, a qual não passou por um processo consideravel de seleção e melhoramento apresentando características como dormência e germinação não uniforme indesejável para o cultivo. Neste trabalho se faz uma busca de sequências relacionadas com esses processos em uma transcripto de erva de 200.000 sequências utilizando como referência o genoma de Arabidopsis thaliana, e programas de analises de secuencias BioEdit. Se achou que existe conservação na maioría dos dominios estudados. Ao mesmo tempo uma fracção do transcriptoma da erva foi analisado mediante o programa Blast2go deixando em evidência as principais vías metabólicas da especie, destacando purina e tiamina, também é mostrado Vitis vinifera como a especie com maior similaridade com as secuencias de Ilex paraguariensis. Foi obtido um mapeamento razoável das secuencias, tendo em conta a separação filogenética entre as espécies comparadas, de igual modo a disponibilidade de um trancriptoma de Erva-Mate oferece a oportunidade para explorar a fundo as vias metabólicas, por trás dessa planta.
Abstract
Descrição
Trabajo de Conclusión de Curso presentado al Instituto Latinoamericano de Ciencias de la Vida y la Naturaleza, como
requisito parcial a la obtención del titulo de Licenciatura en Ciencias Biológicas – Ecología y Biodiversidad. Orientador: Prof.
Dr. Cristian Antonio Rojas
Palavras-chave
Bioinformática, BioEdit, Blast2Go, Transcriptoma
Citação
HERNÁNDEZ LÓPEZ, Diego Sebastian. Estudio de la notación funcional de secuencias relacionadas a la dormancia y germinación en yerba mate (Ilex paraguariensis St. Hil ) 2016. Número de páginas 64. Trabajo de Conclusión de Curso de Graduación en Ciencias Biológicas – Ecología y Biodiversidad – Universidad Federal de Integración Latinoamericana, Foz de Iguazú, 2016.