Análise genômica das variantes de SARS-CoV-2 detectadas em Foz do Iguaçu - Paraná/BR e o impacto das mutações missense nas vias dependentes de HLA-B
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Data
2024
Autores
Assis, Samuel Chagas de
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Resumo
A vigilância genômica do SARS-CoV-2 tem sido fundamental para monitorar o surgimento de mutações e compreender suas implicações na severidade e disseminação do vírus, auxiliando na previsão de impactos na eficácia da vacinação e na resposta imune populacional. Neste estudo computacional, mapeamos as variantes de SARS-CoV-2 circulantes em Foz do Iguaçu, Paraná, Brasil, de 2020 a 2022. Focamos na identificação de mutações missense, que alteram a sequência de aminoácidos das proteínas virais, e avaliamos seu efeito na apresentação de epítopos, com ênfase nos alelos HLA-B da população local. Os resultados indicaram que epítopos associados aos alelos B*07:02 e B*27:05 apresentaram maior perda de ligação devido a mutações, e que a dinâmica de algumas variantes pode demonstrar a exportação de variantes ao Paraguai. Embora não tenha sido observada uma correlação direta entre o perfil alélico de pacientes internados em UTI e a circulação de mutações específicas, o estudo revelou a dinâmica mutacional do SARS-CoV-2 ao longo do tempo em Foz do Iguaçu durante a pandemia. Dessa forma, a pesquisa identificou mutações que potencialmente impactaram a disseminação do vírus e ofereceu um panorama das variantes circulantes, contribuindo para futuras estratégias de vigilância epidemiológica na região fronteiriça.
Abstract
Genomic surveillance of SARS-CoV-2 has been essential for monitoring emerging mutations and understanding their implications for viral severity and spread, aiding in predicting impacts on vaccine efficacy and the population’s immune response. In this computational study, we mapped SARS-CoV-2 variants circulating in Foz do Iguazú, Paraná, Brazil, from 2020 to 2022. We focused on identifying missense mutations, which change the viral protein amino acid sequence in an unique position, and assessed their effect on epitope presentationfor HLA-B alleles. The results indicated that epitopes associated with the B*07:02 and B*27:05 alleles showed greater binding loss due to mutations, and that the emergence of certain variants may be related to the city’s proximity to Paraguay. Although no direct correlation was found between the allelic profile of ICU-admitted patients and the circulation of specific mutations, the study revealed SARS-CoV-2’s mutational dynamics over time in Foz do Iguazú during the pandemic. Thus, this research identified mutations potentially impacting viral spread and provided an overview of circulating variants, contributing to future epidemiological surveillance strategies.
Descrição
Trabalho de Conclusão de Curso apresentado ao Instituto Latino-Americano de Ciências da Vida e da Natureza da Universidade Federal da Integração Latino-Americana, como requisito parcial à obtenção do título de Bacharel em Biotecnologia.
Palavras-chave
COVID-19, vírus, vacinação, mutações