Estudio de la notación funcional de secuencias relacionadas a la dormancia y germinación en yerba mate (Ilex paraguariensis St. Hil )
Resumo
La yerba mate es un árbol de la familia Aquifoliaceae descrita por Auguste de
Saint Hilaire en 1822 como Ilex paraguariensis, presenta gran importancia
social, cultural y económica. Pese a esto, poco se conoce sobre la biología de
esta especie, la cual no ha pasado por un proceso considerable de selección y
mejoramiento genético presentando características como la dormancia y
germinación desuniforme indeseables para el cultivo. En este trabajo se hace
una búsqueda de secuencias relacionada a estos procesos en un transcriptoma
de Yerba de 200.000 secuencias usando como referencia el genoma de
Arabidopsis thaliana, y programas de análisis de secuencias BioEdit. De esta
forma se encontró que existe conservación de la mayoría de los dominios
estudiados. Al mismo tiempo una fracción del transcriptoma de yerba fue
analizado mediante el programa Blast2go dejando en evidencia las principales
vías metabólicas de la especie destacando la de purina y tiamina.
También se señala a Vitis vinifera como la especie con la cual las secuencias
de Ilex paraguariensis mostraron mayor homología. Se logró entonces, un
mapeo razonable de las secuencias, teniendo en cuenta la separación
filogenética entre las especies comparadas. Asimismo la disponibilidad de un
trancriptoma de Yerba ofrece la posibilidad de explorar en profundidad las vías
metabólicas por detrás de esta planta. A erva-mate é uma árvore da família Aquifoliaceae descrito por Auguste de
Saint Hilaire, em 1822 como Ilex paraguariensis, apresenta grande importância
social, cultural e económica, apesar disso, pouco se sabe sobre a biologia desta
espécie, a qual não passou por um processo consideravel de seleção e
melhoramento apresentando características como dormência e germinação não
uniforme indesejável para o cultivo. Neste trabalho se faz uma busca de
sequências relacionadas com esses processos em uma transcripto de erva de
200.000 sequências utilizando como referência o genoma de Arabidopsis
thaliana, e programas de analises de secuencias BioEdit. Se achou que existe
conservação na maioría dos dominios estudados. Ao mesmo tempo uma
fracção do transcriptoma da erva foi analisado mediante o programa Blast2go
deixando em evidência as
principais vías metabólicas da especie,
destacando purina e tiamina, também é mostrado Vitis vinifera como a
especie com maior similaridade com as secuencias de Ilex paraguariensis. Foi
obtido um mapeamento razoável das secuencias, tendo em conta a separação
filogenética entre as espécies comparadas, de igual modo a disponibilidade de
um trancriptoma de Erva-Mate oferece a oportunidade para explorar a fundo as
vias metabólicas, por trás dessa planta.