Cadena Mantilla, Diego Fernando2024-10-312024-10-312024MANTILLA, Diego Fernando Cadena. 2024. Desarrollo de un paquete tecnológico de monitoreo ambiental de peces basado en eDNA metabarcoding. Asesores: SCHNEIDER, Carlos Henrique (asesor); PEREIRA, Luiz Henrique (co-asesor). 119 h.. Disertación (Maestría) - PPG-BC (Programa de Postgrado en Biociencias), UNILA (Universidad Federal de la Integración Latinoamericana), Foz do Iguaçu.https://dspace.unila.edu.br/handle/123456789/8605Disertación de maestría presentada al PPG-BC (Programa de Pos-Grado en Biociencias), del ILACVN (Instituto Latino-Americano de Ciencias de la Vida y de la Naturaleza), de la UNILA (Universidad Federal de la Integración Latino-Americana), como requisito parcial para obtener el título de Magister en Ciencias.Secuenciar y analizar el ADN ha revolucionado la conservación y el monitoreo de la biodiversidad. Técnicas como el DNA barcoding y la metagenómica permiten la identificación de especies a partir de muestras ambientales sin requerir observación directa o cultivo en laboratorio. Estas técnicas son cruciales para detectar especies raras, invasoras o en peligro, y para evaluar la efectividad de las acciones de conservación mediante el seguimiento pre y post-intervención. El eDNA metabarcoding se destaca como una herramienta eficaz para la identificación de especies de peces utilizando el marcador molecular 12S. A pesar de sus ventajas, enfrenta desafíos como la ausencia de parámetros estandarizados y la falta de bases de datos completas. Este estudio desarrolló un protocolo optimizado de eDNA metabarcoding para monitorear peces en arroyos, superando problemas relacionados con el volumen de agua y el almacenamiento de muestras. Establecimos que filtrar 1.2 litros de agua, en dos etapas, a través de membranas de 0.70 y 0.45 µm es óptimo para recuperar comunidades de peces. El marcador NeoFish demostró una mejor resolución taxonómica, identificando un mayor número de especies con una alta coincidencia respecto a los estudios tradicionales. Sin embargo, la carencia de secuencias referencia para muchas especies neotropicales limita la precisión del método. Asi, se creó un banco de datos con secuencias de 46 nuevas especies para actualizar los registros globales, a partir del diseño de dos nuevos cebadores Forward y un cebador Reverse para el secuenciamiento de las secuencias 12S referencia enfocado en la ictiofauna regional. El eDNA metabarcoding reveló un mayor número de especies en comparación con los métodos tradicionales, aunque no todas las especies fueron identificadas, con mayor resolución con el banco de datos creado. Ambos métodos coincidieron en la identificación de especies abundantes, pero el eDNA detectó especies adicionales que no fueron capturadas o resultaron difíciles de capturar con métodos tradicionales. Este estudio subraya que, aunque el eDNA metabarcoding es una herramienta poderosa para la evaluación de la biodiversidad y su eficacia está condicionada por la calidad y exhaustividad de las bases de datos de referencia.esopenAccessbancos molecularesDNA barcodingbiomonitoreoarroyos.Thesis