Estudio de la notación funcional de secuencias relacionadas a la dormancia y germinación en yerba mate (Ilex paraguariensis St. Hil )

Abstract

La yerba mate es un árbol de la familia Aquifoliaceae descrita por Auguste de Saint Hilaire en 1822 como Ilex paraguariensis, presenta gran importancia social, cultural y económica. Pese a esto, poco se conoce sobre la biología de esta especie, la cual no ha pasado por un proceso considerable de selección y mejoramiento genético presentando características como la dormancia y germinación desuniforme indeseables para el cultivo. En este trabajo se hace una búsqueda de secuencias relacionada a estos procesos en un transcriptoma de Yerba de 200.000 secuencias usando como referencia el genoma de Arabidopsis thaliana, y programas de análisis de secuencias BioEdit. De esta forma se encontró que existe conservación de la mayoría de los dominios estudiados. Al mismo tiempo una fracción del transcriptoma de yerba fue analizado mediante el programa Blast2go dejando en evidencia las principales vías metabólicas de la especie destacando la de purina y tiamina. También se señala a Vitis vinifera como la especie con la cual las secuencias de Ilex paraguariensis mostraron mayor homología. Se logró entonces, un mapeo razonable de las secuencias, teniendo en cuenta la separación filogenética entre las especies comparadas. Asimismo la disponibilidad de un trancriptoma de Yerba ofrece la posibilidad de explorar en profundidad las vías metabólicas por detrás de esta planta.

A erva-mate é uma árvore da família Aquifoliaceae descrito por Auguste de Saint Hilaire, em 1822 como Ilex paraguariensis, apresenta grande importância social, cultural e económica, apesar disso, pouco se sabe sobre a biologia desta espécie, a qual não passou por um processo consideravel de seleção e melhoramento apresentando características como dormência e germinação não uniforme indesejável para o cultivo. Neste trabalho se faz uma busca de sequências relacionadas com esses processos em uma transcripto de erva de 200.000 sequências utilizando como referência o genoma de Arabidopsis thaliana, e programas de analises de secuencias BioEdit. Se achou que existe conservação na maioría dos dominios estudados. Ao mesmo tempo uma fracção do transcriptoma da erva foi analisado mediante o programa Blast2go deixando em evidência as principais vías metabólicas da especie, destacando purina e tiamina, também é mostrado Vitis vinifera como a especie com maior similaridade com as secuencias de Ilex paraguariensis. Foi obtido um mapeamento razoável das secuencias, tendo em conta a separação filogenética entre as espécies comparadas, de igual modo a disponibilidade de um trancriptoma de Erva-Mate oferece a oportunidade para explorar a fundo as vias metabólicas, por trás dessa planta.